Kako prenose mediji, u izvještaju povjerenstva koje je ocjenjivalo prijedlog rektora Damira Borasa navodi se da je Dragan Čović započeo karijeru "u teškim trenucima ukidanja Hrvatske Republike Herceg-Bosne".Čelnici Herceg-Bosne i Republike Hrvatske 1993. i 1994. bili su ključni sudionici u udruženom zločinačkom pothvatu s ciljem etničkog čišćenja bosanskih Muslimana počinjenjem zločina protiv čovječnosti
U tim trenucima Čović je bio direktor mostarske tvrtke Soko u koju su na rad prisilno odvođeni zarobljenici bošnjačke nacionalnosti iz obližnjeg logora Heliodrom. Prisilno zatvaranje i mučenje više tisuća civila i ratnih zarobljenika Bošnjaka u ovom logoru predstavlja težak ratni zločin. Dokumenti i svjedočanstva upućuju na to da je počasni doktor Čović zatočenike ovog logora koristio za prisilan rad u tvrtki u kojoj je obnašao visoku funkciju.
Iz YIHR-a podsjećaju da je Hrvatska Zajednica Herceg-Bosna (od 1993. Hrvatska Republika Herceg-Bosna) uspostavljena 1991. godine na području Bosne i Hercegovine, a Ustavni Sud BiH odlukom 14. rujna 1992. osporio je njeno postojanje. Čelnici Herceg-Bosne i Republike Hrvatske 1993. i 1994. bili su ključni sudionici u udruženom zločinačkom pothvatu s ciljem etničkog čišćenja bosanskih Muslimana počinjenjem zločina protiv čovječnosti, teških kršenja Ženevskih konvencija i drugih ratnih zločina.
Oni su dijelili zajednički cilj da preuzmu kontrolu nad teritorijem tzv. Herceg-Bosne prisilnim raseljavanjem desetina tisuća osoba. Taj zločinački plan rezultirao je ubojstvima, mučenjima i protjerivanjem stanovništva iz njihovih domova i zajednica u više općina, uključujući Gornji Vakuf, Jablanicu, Prozor, Mostar, Ljubuški, Stolac i Čapljinu.
Osim toga, rukovodstva Herceg-Bosne bila su ključna u agresiji Republike Hrvatske na Bosnu i Hercegovinu u cilju odvajanja ovog teritorija od Bosne i Hercegovine i pripajanja Republici Hrvatskoj.
